Năm 1705, vua Chân Lạp Nặc Ông Thâm liên minh với quân Xiêm để triệt hạ thế lực tranh chấp Nặc Ông Yêm. Nặc Ông Yêm phải chạy qua Gia Định cầu viện. Chúa Nguyễn cử Nguyễn Cửu Vân đem quân đánh tan quân Xiêm, đưa Nặc Ông Yêm về thành La Bích rồi rút quân về.

Năm 1714, Nặc Ông Thâm đem quân từ Xiêm về đánh lấy thành La Bích. Nặc Ông Yêm lại cho người sang Gia Định cầu viện. Đô đốc Phiên Trấn (Gia Định) Trần Thượng Xuyên phát quân sang đánh, Nặc Ông Thâm bỏ thành chạy sang Xiêm.

Năm 1729 đất Gia Định bị đe dọa trước sự động binh của Chân Lạp, chúa Nguyễn cho đặt sở Điều khiển để lo việc quân sự trong vùng.

Năm 1743 xảy ra cuộc tranh chấp ở triều đình Chân Lạp, giữa Nặc Nộn, Nặc Hiên và Nặc Nguyên. Nguyễn Hữu Doãn được cử đem quân từ Gia Định (thuộc sở Điều khiển) lập lại trật tự trong vùng.

Nhân việc Nặc Nguyên khi làm vua Chân Lạp đã áp dụng chính sách đàn áp nhóm người thiểu số Chiêm Thành (Côn Man) sinh sống trong vùng và có ý định liên minh với chúa Trịnh ở phía Bắc để chống lại chúa Nguyễn. Năm 1753, Nguyễn Cư Trinh được cử làm Kinh lược sứ Chân Lạp, đem quân từ 5 dinh (Bình Khang, Bình Thuận, Trấn Biên, Phiên Trấn, Long Hồ) về đồn trú ở Bến Nghé; lập doanh trại gọi là Đồn Dinh, huấn luyện quân ngũ, trù tính lương thực và kế hoạch điều binh. Cuộc hành quân kéo dài đến 1755, giải phóng được nhóm Chiêm Thành thiểu số, lập lại an ninh ở toàn vùng Gia Định.

Năm 1772, nhân việc Trịnh Quốc Anh, một người Hoa cơ hội chủ nghĩa xưng vương ở Xiêm La đem quân đánh vào Hà Tiên, Rạch Giá (1771), Nguyễn Cửu Đàm được cử đem quân đi đánh dẹp. Lực lượng chúa Nguyễn vào thời kỳ này đã chiếm được ưu thế chính trị và quân sự trên toàn vùng Nam Bộ. Phong trào nông dân Tây Sơn bùng nổ năm 1771 đã nhanh chóng chiếm được thế chủ động ở Đàng Trong.

Năm 1775, dưới áp lực của quân chúa Trịnh, chúa Nguyễn Phúc Thuần (1767-1777) phải rời Phú Xuân trốn vào Gia Định.

Sau khi điều đình với quân Trịnh để tạm yên mặt Bắc, quân Tây Sơn bắt đầu mở những cuộc tấn công đánh vào lực lượng của chúa Nguyễn ở phía Nam.

Từ năm 1776 đến 1783, quân Tây Sơn năm lần tiến vào Gia Định. Cả 5 lần, quân Nguyễn đều bị đánh bật ra khỏi đất liền. Số quân sống sót phải trốn tránh trên các hải đảo.

Năm 1776, Nguyễn Lữ đánh cửa Lạp (Soài Rạp) rồi cho thuyền vào cửa Cần Giờ tấn công lấy được ba dinh: Phiên Trấn (đất Sài Gòn - Bến Nghé), Trấn Biên và Long Hồ rồi rút quân về.

Năm 1777, Nguyễn Huệ đánh chiếm Gia Định, bắt được cả hai chúa Nguyễn Phúc Thuần và Nguyễn Phúc Dương đem xử tử tại chùa Kim Chương (góc Nguyễn Trãi và Cống Quỳnh ngày nay) vào tháng Chín và tháng Mười năm ấy.

Năm 1778, Nguyễn Ánh cho đắp lũy đất từ bờ sông Sài Gòn đến kinh Tàu Hủ ngày nay, các vàm rạch lớn nhỏ đều cắm chông, nọc, các đường thủy, bộ đều bị phong tỏa. Trịnh Hoài Đức mô tả cảnh sống của nhân dân Gia Định vào thời kỳ này như sau: "Từ lúc câu binh vào tháng 10 năm trước, đến tháng 6 năm này (1778) đường thủy lục bị trở ngại, đồ thực dụng trong dân gian đều kiệt ráo, không tiếp tế nhau được. Trong chợ chỉ bán mắm ếch (hay mắm nhái), bánh đậu bà tương dùng lá dâu, lá khế làm trà uống, rễ cây bồ quỳ, cây trà la (hay chà là) để thế cho cau... Ngoài ra, những việc nhũng lạm, giả trá, di dịch, không kể xiết được. Khi ấy một chén nhỏ muối xấu nặng ước 3 lượng, bán giá năm tiền, nhưng cũng không có được nhiều, vậy nên người ta đều giấu muối ở trong lưng như bọc vật quý vậy. Còn một vuông gạo giá tiền đến 2 quan, quan và dân đều khổ cả". Vào thời kỳ này, nhóm người Hoa ở Cù lao Phố (Biên Hòa), để tránh những cuộc giao tranh, đã ngược sông Tân Bình (sông Sài Gòn) kéo về tụ tập ở Sài Gòn lập ra khu Đề Ngạn (Chợ Lớn).

Năm 1782 Nguyễn Huệ đem quân vào cửa Cần Giờ đến Ngã Bảy tấn công các tàu chiến của Nguyễn Ánh. Viên thuyền trưởng người Pháp là Mạn Hòe (Manuel) chỉ huy một tàu chiến có 10 đại bác bị tử trận, thuyền bốc cháy. Nguyễn Ánh lui về Ba Giồng (Tam Phụ ở Định Tường) chỉnh đốn đội ngũ rồi trở lên với ý đồ tái chiếm Bến Nghé. Nguyễn Huệ chận đánh tại ngã tư sông, gần cầu Bình Điền ngày nay, lại thắng thêm một trận nữa. Nguyễn Ánh phải chạy ra đảo Phú Quốc. Sau khi quân Tây Sơn rút về Qui Nhơn; tướng nhà Nguyễn là Châu Văn Tiếp chiếm lại thành Gia Định, cho người ra đón Nguyễn Ánh từ Phú Quốc về.

Năm 1783, Nguyễn Huệ cùng Nguyễn Lữ đem quân trở lại Gia Định. Nguyễn Ánh bố trí trận địa thật kỹ, dùng hỏa công đón đánh, nhưng quân Tây Sơn lại toàn thắng sau khi hạ hai đồn Cá Trê và Rạch Bàng (vùng cầu Tân Thuận ngày nay) án ngữ Bến Nghé. Nguyễn Ánh phải chạy qua Xiêm xin cầu viện.

Tháng 7 năm 1784, thủy quân Xiêm đổ bộ và đến cuối năm, chiếm đóng quá nửa miền đất phía tây Gia Định. Nguyễn Huệ đem thủy quân vào Mỹ Tho bố trí ở vùng Rạch Gầm - Xoài Mút, khiêu chiến đưa quân địch vào trận địa và đến ngày 18-1-1875 tiêu diệt toàn bộ chiến thuyền của quân Xiêm và quân của Nguyễn Ánh. Nguyễn Ánh cùng nhóm tàn quân chạy chốn qua Xiêm.

Năm 1788, nhân lúc Nguyễn Huệ bận lo đánh dẹp ở phía Bắc, Nguyễn Ánh trở lại chiếm Bến Nghé và củng cố lực lượng của mình trong vùng Gia Định.

Ngày 24-6-1789, đạo quân viễn chinh Pháp, do giám mục Bá Đa Lộc (Pigneau de Béhaine Eévêque d'Adran) và Hoàng tử Cảnh - được Nguyễn Ánh cử đi cầu viện ở triều đình Louis XVI từ năm 1784 - dẫn đường, đổ bộ lên Bãi Dừa ở Vũng Tàu.

Năm 1790, Nguyễn Ánh cho xây thành Gia Định theo kiểu Vauban, do sĩ quan người Pháp Olivier de Puymanuel thực hiện.

Năm 1802 Nguyễn Ánh lên ngôi lấy niên hiệu Gia Long dời đô từ Gia Định về thành Phú Xuân (Huế). Trung tâm chính trị của triều Nguyễn được chuyển về Huế, đất Sài Gòn - Gia Định trở lại địa vị của một trấn biên thành.

Gia Định phủ do Nguyễn Hữu Cảnh lập năm 1689 đến năm 1774, dưới thời Vũ Vương (Nguyễn Phúc Khoát, 1738-1765) lập thành 3 dinh, từ 1802 đến 1807 được đổi thành Gia Định trấn rồi Gia Định thành (1807-1837) gồm 5 trấn.

Từ năm 1834, đất Gia Định thành được gọi là Nam kỳ, gồm 6 tỉnh, vì vậy người ta hay nói "Nam kỳ lục tỉnh".

Theo tạp chí  "Xưa và Nay" số 50B - Tháng 4-1998

Vào khoảng thế kỷ thứ 5, Sài Gòn Gia Định là vị trí của hai nước nằm sát cạnh nhau: Thù Nại và Bà Lị.

Thời gian sau cả hai nước này đều bị nước Phù Nam kiêm tính và đặt kinh đô ở Vyâdhapura. Qua thế kỷ thứ 6 đến lượt nước Phù Nam lại bị thôn tính do Tiểu vương Kambuja ra đời, gọi là nước Chân Lạp hay Cao Miên.

Triều đình Chân Lạp thuở đó với bộ máy nhà nước khá quy củ. Phần đất có hai khu vực rõ rệt, miền khô lục Chân Lạp và miền trũng úng Thủy Chân Lạp.

Miền khô nằm trên phía Bắc. Nơi này khô ráo, đồi gò thoai thoải, sông nước trong lành, khí hậu hiền hòa. Nơi đây được tập trung tất cả hệ thống hành chánh, vua quan. Chung quanh có phố xá sầm uất, dân chúng đông vui. Dần dần ở lục Chân Lạp này còn có các dân tộc khác cũng đến giao thương như Mã Lai, Ấn Độ, Chăm.

Còn phần đất bên dưới nằm ở phía Nam, thuộc hạ lưu sông Mê Kông (Cửu Long) vốn là miền trũng úng, thuộc loại hiểm địa, bị hoang phế từ lâu đời. Bao quanh phần lớn lại là biển cả, gọi là Thủy Chân Lạp, ta gọi là Đàng Thổ. Thế kỷ thứ 14 nước Chân Lạp bị quân Mã Lai áp đảo dày xéo, buộc phải thần phục. Lại về sau bị Xiêm đặt ách thống trị. Khoảng thời gian này đã có lúc chiến tranh biên giới Xiêm La và Chân Lạp đụng độ nhau rất quyết liệt khiến quân lính cả hai bên sợ hãi tìm cách đào ngũ nhập vào số các sắc dân Mã, Việt, Chăm, Chân Lạp cùng nhau chạy loạn. Một vài toán liều mạng chạy xuống vùng biển Thủy Chân Lạp, vào rừng sâu ẩn náu.

Có lẽ từ đó những danh từ chỉ vài vị trí địa lý được xuất hiện như: Prinagaram nghĩa là phố giữa rừng; Kas Krôbey chỉ khu vực có nhiều trâu nước và Pranokor tức rừng già. Sau cuộc chiến dữ dội ấy, thế lực Chân Lạp sút kém dần. Rõ rệt nhất ở vào thế kỷ 16 đất đai của họ bị lấn dần. Trong Hoàng tộc lúc đó lại thường xuyên xảy ra nội loạn tranh chấp ngôi báu.

Sang đầu thế kỷ 17 vua Chân Lạp là Chey Choetha II đã xin cưới một công nương nhà Đại Việt, con gái vua Hy Tông Nguyễn Phúc Nguyên (1617-1635). Mục đích của Chân Lạp muốn dựa thế lực nhà Nguyễn hòng chống lại Xiêm La (tức Thái Lan). Còn mục đích của Đại Việt muốn nhân cơ hội lấy tình thân thông gia, giữ ôn hòa lân bang và để đặt bước khai hoang.

Biên niên sử Khơ Me chép: Năm 1618, vua Chey Chettha II lên ngôi. Ngài liền cho xây cung điện nguy nga tại Oudong , rồi cử hành lễ cưới trọng thể với một công chúa Việt Nam rất xinh đẹp con chúa Nguyễn (người ta phỏng đoán đó là công nữ Ngọc Vạn con chúa Sãi, Nguyễn Phước Nguyên). Hoàng hậu Sam Đát Việt Nam cho đem nhiều người đồng hương tới Campuchia, có người được làm quan lớn trong triều, có người làm các nghề thu công và có người buôn bán hay vận chuyển hàng hóa.

Cuộc hôn nhân của công chúa Ngọc Vạn với vua Chân Lạp được hình thành vào năm 1620. Bà được phong làm Hoàng hậu với tước hiệu "Somdach - preia Peaccac - Vodey - Prea - Roriac - Khsattrey". Từ đó mối giao bang giữa Đại Việt và Chân Lạp khá êm đẹp. Dân hai nước được tự do qua lại sinh sống cả hai bên lãnh thổ của nhau. Vậy là nơi rừng rú hoang dã Thủy Chân Lạp với tên Preinokor có thêm nhiều hơn vết chân người Việt. Các danh từ được phiên âm từ Preinokor ra Sài Gòn - Kaskrobey ra Bến Nghé và Nông Nại ra Đồng Nai đã được xuất hiện từ nhóm người Việt này đến lưu cư đầu tiên.

Năm 1623, chúa Nguyễn sai một phái bộ tới yêu cầu vua Chey Chettha II cho lập đồn thu thuế tại Prei Nokor (Sài Gòn) và Kas Krobei (Bến Nghé). Vua Chân Lạp đã mau mắn gửi quốc thư hồi âm chấp thuận việc chúa Nguyễn muốn đặt trạm thu thuế tại 2 nơi đó. Sự việc này đã là một thực thể chính đáng cho chúa Nguyễn nhà Đại Việt với công trình khai hoang xứ Đàng Thổ.

Đây là vùng rừng rậm hoang vắng nhưng cũng là địa điểm qua lại và nghỉ ngơi của thương nhân Việt Nam đi Campuchia và Xiêm La. Chẳng bao lâu, hai đồn thu thuế trở thành thị tứ trên bến dưới quyền, công nghiệp và thương nghiệp sầm uất.

Giáo sĩ Ý tên Christoforo Boni sống tại thị trấn Nước Mặn gần Qui Nhơn từ năm 1618 đến năm 1622, viết hồi ký "Chúa Nguyễn phải chuyên lo việc tập trận và gởi quân sang giúp vua Campuchia - cũng là chàng rể lấy con gái hoang (fille batarde) của chúa! Chúa viện trợ cho vua cả tàu thuyền lẫn binh lính để chống lại vua Xiêm". Borri cũng tả khá tỉ mỉ về sứ bộ của chúa Nguyễn đi Campuchia hồi 1620: "Sứ thần là người sinh trưởng tại Nước Mặn, một nhân vật quan trọng đứng sau chức tổng trấn. Trước khi lên đường, ông đã để nhiều ngày giờ bàn bạc và nhận lệnh của chúa. Sứ bộ gồm khá đông người, cả quan lẫn lính, vừa nam vừa nữ, chuyên chở trên những chiếc thuyền lớn có trang bị vũ khí và bài trí lộng lẫy. Khi sứ bộ tới kinh U Đông, thì dân chúng Khơ Me, thương nhân Bồ Đào Nha, Nhật Bản và Trung Hoa đã tụ hội đông đảo để đón tiếp và hoan nghênh. Vì sứ thần đây là người quan thuộc, đã lui tới nhiều lần, từng làm đại diện thường trú từ lâu, chưa không phải sứ giả mới đới lần đầu. Borri còn cho biết tòa sứ bộ khá quan trọng và đông đúc, nào là thê thiếp, người hầu kẻ hạ của sứ thần, nào binh sĩ giữ an ninh và phục dịch sứ bộ.

Năm 1658, "Nặc Ông Chân phạm biên cảnh", Hiền Vương liền sai "phó tướng Tôn Thất Yên đem ngàn binh đi 2 tuần đến thành Mô Xoài (Bà Rịa), đánh phá kinh thành và bắt được vua nước ấy". Sau được tha tội và được phong làm Cao Miên quốc vương "giữ đạo phiên thần, lo bề cống hiến, không xâm nhiễu dân sự ở ngoài biên cương. Khi ấy địa đầu Gia Định là Mô Xoài và Đồng Nai đã có lưu dân của nước ta đên ở chung lộn với người Cao Miên khai khẩn ruộng đất". Như vậy là từ trước 1658, Mô Xoài và Đồng Nai đã thuộc "biên cảnh" của Việt Nam.

Một giáo sĩ khác người Pháp tên là Chevreuil tới thăm Colompé (tức Pnom Penh, Nam Vang) hồi 1665 đã thấy "hai làng An Nam nằm bên kia sông, cộng số người được độ 500 mà kẻ theo đạo Công giáo chỉ có 4 hay 5 chục người". Ngoài Nam Vang, tại các nơi khác cũng có nhiều người Việt Nam sinh sống, ở thôn quê thì làm ruộng, gần phố thì buôn bán, làm thủ công hay chuyên chở ghe thuyền, kể hàng mấy ngàn người. Như ở Đất Đỏ, Bà Rịa, Bến Cá, Cù lao Phố, Mỹ Tho, Hà Tiên, v.v...

Ngoài đồng bằng sông Mê Kông, người Việt Nam còn đến làm ăn và định cư rải rác trong đồng bằng sông Mê Nam. Lịch sử cho biết: dân tộc Thái mới lập quốc từ thế kỷ VII sau công nguyên ở giữa bán đảo Đông Dương và chủ yếu trên lưu vực sông Mê Nam. Nước này gọi là Xiêm hay Xiêm La (Siam), đến năm 1939 mới đổi tên là Thái Lan. Kinh đô Xiêm xưa ở Ayuthia, xây dựng thừ năm 150 trên một khúc quanh của sông Mê Nam cách biển gần 100 km. Theo bản đồ Loubère vẽ năm 1687, thì kinh đô Ayuthia nằm trong một hòn đảo lớn, giữa hai nhánh sông Mê Nam. Đường sá, cầu cống, phố chợ, lâu đài... được ghi khá rõ ràng. lại có thêm chú chích minh bạch như: A=Thành phố, B=cung điện, C=bến cảng, D=xưởng thủy hải quân, E=xưởng thủy ghe thuyền, F=phố thị, G=chủng viện... Chung quanh hòn đảo chính có những khu vực dành riêng cho dân Xiêm hay người nước ngoài cư trú: người Xiêm ở phía Bắc và Tây Bắc, người Hoa ở phía Đông, người Việt Nam, Mã Lai, Nhật Bản, Hòa Lan, Bồ Đào Nha ở phía Nam. Nơi người Việt ở cũng là một cù lao khá rộng, qua sông là tới phố thị kinh đô, việc đi lại giao dịch rất thuận lợi. Nhìn cách bố trí thôn trại chung quanh Ayuthia, ta có thể phỏng đoán cộng đồng người Việt ở đây khá đông và là một trong mấy nhóm ngoại quốc tới lập nghiệp sớm nhất. Trên bản đồ có ghi rõ chữ Cochinchinois nơi thôn trại Việt. Đương thời, địa danh này chỉ người Đàng Trong và cũng có thể chỉ chung người VIệt Nam, vì trước đó - trong thời gian chưa có phân ranh Trịnh Nguyễn, Tây phương dùng địa danh ấy, biến dạng bởi Giao Chỉ - Cauchi - Cauchinchina - Cochinchine để gọi chung Việt Nam. Đa số người Việt ở đây là người Đàng Trong, song cũng có người Đàng Ngoài. Họ tới định cư và lập nghiệp có lẽ từ thế kỷ XVI hay đầu thế kỷ XVII tồi, nghĩa là từ thời nhà Mạc khi trong nước rất xáo trộn là loại ly. Theo ký sự của Vachet thì cả nam nữ già trẻ. Ngoài Ayuthia, người Việt còn tới làm ăn định cư tại Chân Bôn (Chantaburi) và Bangkok là những thương điếm trung chuyển từ Hà Tiên tới kinh tô Xiêm.

Sử Việt Nam và sử Khơ Me cùng nhất trí ghi sự kiện: Năm 1674 (tức là 51 năm sau khi lập đồn thu thuế và 16 năm sau sự kiện Mô Xoài) xảy ra một biến cố chính trị và quân sự quan trọng: Vua Chân Lạp là Nặc ông Nộn bị người hoàng tộc Nặc Ông Đài nổi lên đánh đuổi. Ông Nộn sang cầu cứu chúa Nguyễn. Chúa Nguyễn sai Nguyễn Dương Lâm đem quân vào giúp, thâu phục luôn 3 lũy Sài Gòn, Gò Bích và Nam Vang (trong sử ta, địa danh Sài Gòn xuất hiện từ 1674 vậy). Đài thua chạy rồi tử trận. Chúa Nguyễn phong cho Nặc Ông Thu làm Cao Miên quốc vương đóng đô ở U Đông, cho Nặc Ông Nộn làm phó vương ở Sài Gòn. Ông Nộn lập dinh cơ có lẽ ở vùng đất cao ráo từ đồi sau này gọi là đồi Cây Mai đến vùng Phú Thọ hiện giờ. Ông Nộn 15 năm ở Sài Gòn cũng hoạt động quân sự nhiều cuộc đối đầu với vua Chân Lạp mà không thành.

Năm 1679 (tức 56 năm sau khi lập đồn thu thuế và 5 năm sau khi Ông Nộn đóng ở Sài Gòn). Đồn dinh Tân Mỹ không phải là một cái đồn có nhiệm vụ kinh tế, mà mang tính chất quân sự, chính trị, cai quản; có giám quân, cai bộ và ký lục với dinh thự của bộ sậu ấy, có trại lính để sai phái và để bảo vệ phó vương Chân Lạp, bảo vệ việt kiều. Đồn dinh cũng có nhiệm vụ lập làng chia xóm, tổ chức phố chợ. Thực tế đó là một chánh quyền bán chánh thức của chúa Nguyễn.

Cuối năm 1679 chúa Nguyễn cho phép các đoàn người Minh của Trần Thượng Xuyên vào Biên Hòa và của Dương Ngạn Địch vào Mỹ Tho-là những đất chúa Nguyễn thực tế xem như là do mình quản trị, cũng là những vùng đã có lưu dân Việt Nam khai hoang lập ấp từ đầu thế kỷ 17.

Hai viên Tổng binh người Minh không chịu hàng phục nhà Thanh, kéo hai đạo quân và gia quyến, thân thuộc xuống phía nam, xin chúa Nguyễn đùm bọc; chúa Nguyễn cho đoàn Trần Thượng Xuyên vào vùng Biên Hòa, cho đoàn Dương Ngạn Địch vào Mỹ. Cả hai đoàn, mỗi đoàn nhiều ngàn người, họ lập phố xá buôn bán, cũng có phần làm nghề nông nhưng ít hơn nghề thương. Nông Nại đại phố (ở Biên Hòa) sớm trở thành một trung tâm thương mãi có nhiều tàu ngoại quốc tới lui. Vùng "Nông Nại đại phố" này cũng đã sẵn có người Việt Nam ở làm ăn khá đông, việc thương mãi của Nông Nại đại phố một phần lớn dựa vào nghề nông của người Việt và đồng bào bản địa. Nông Nại đại phố thịnh mà không hút được Sài Gòn, trái lại nó bị Sài Gòn hút vào vì Sài Gòn ở một thế trung tâm hơn. ý kiến nói rằng ở miền Nam, ở vùng Sài Gòn, người Minh có công khai hoang trước rồi người Việt mới tới sau lập phủ huyện, là một ý kiến hoàn toàn sai. Người Việt đã tới đây khai hoang lập ấp 70, 80 năm trước rồi, sau người Minh mới đến. Tuy vậy vai trò kinh tế của người Minh ta không xem nhẹ, càng không phủ nhận. Người Minh mau chóng bị Việt hóa.

Năm 1688, phó tướng của Dương Ngạn Địch là Hoàng Tấn làm phản, giết Dương Ngạn Địch, và mưu đồ bá chiếm, cát cứ. Chúa Nguyễn phái Mai Vạn Long đem quân vào diệt Hoàng Tấn, rồi Mai Vạn Long cùng Trần Thượng Xuyên đánh lên kinh đô Chân Lạp. Nặc Ông Nộn có mặt trong cuộc hành quân đó. Mai Vạn Long và Trần Thượng Xuyên đưa vua Chân Lạp Nặc Ông Thu về Sài Gòn thương thuyết với chúa Nguyễn. Nặc Ông Thu trở lại kinh thành Oudong làm vua Chân Lạp và đồng ý hợp sức với chúa Nguyễn chống Xiêm. Xiêm bị chận đứng lại.

Năm 1697, con của Nặc Ông Nộn là Nặc Ông Yêm từ Sài Gòn về Oudong được Nặc Ông Thu gả con gái để sau này Yêm nối ngôi Thu làm vua Chân Lạp. Từ nay ở Sài Gòn không còn có phó vương.

Bốn mươi năm sau (tức 1698), chúa Nguyễn mới sai Nguyễn Hữu Cảnh vào "kinh lý" miền Nam. Đó là cuộc kinh lý miền biên cảnh - khi ấy đất đai đã mở rộng khắp miền đông Nam Bộ ngày nay.

Ông cho đặt đại bản doanh tại Cù Lao Phố bằng sự nhận xét thần tốc về mọi mặt: đất đai hoang phế mênh mông nhưng toàn là sình lầy cùng rừng rậm; nhân lực thì yếu kém, đời sống sinh hoạt của các sắc dân quá thô thiển thật là thiên nan vạn nan! Nhưng với ý chí quả cảm, bất kể nguy khó hiểm nghèo Lễ Thành Hầu Nguyễn Hữu Cảnh vạch ra kế sách cấp tốc: Khai hoang mở cõi và dàn xếp biên cương.

Song song với việc khẩn hoang Thống suất Lễ Thành Hầu Nguyễn Hữu Cảnh thi hành ngay việc chia ranh định vùng mong sớm đưa chúng dân vào nề nếp an cư.

Về hành chính: Trên cơ sở lưu dân Việt Nam tự phát tới "khẩn hoang lập ấp", ông chia đất Đông Phố lấy xứ Đồng Nai làm huyện Phước Long, dựng dinh trấn biên (Biên Hòa ngày nay). Lấy xứ Sài Gòn làm huyện Tân Bình, dựng dinh Phiên Trấn (tức Sài Gòn). Mỗi trấn có lưu thủ quản trị, dưới có cai bạ coi về ngân khố và ký lục coi về hình án. Trấn Biên bao gồm từ Bình Thuận đến Nhà Bè. Phiên Trấn bao gồm từ Tân Bình đến Cần Giuộc (Long An).

Phủ Gia Định ngày đó là gồm từ Bình Thuận, Sài Gòn, Đồng Nai, Nhà Bè đến Long An. Khi đó địa bàn Đồng Nai Gia Định được nới rộng thêm ra hàng ngàn dặm vuông, các chủng dân được quy tụ dựng thành chòm xóm. Dân số có đến 40.000 hộ. Liền đó, Thống suất Lễ Thành Hầu Nguyễn Hữu Cảnh vạch ra quy hoạch:

1. Thiết lập làng xã, khóm ấp.
2. Lập sổ đinh, sổ điền.
3. Định mức tượng trưng về thuế tô, thuế dung. Riêng người Hoa tập trung làm hai xã để việc thương mại có cơ hội bành trướng đều khắp.
4. Xã Thanh Hà ở huyện Phước Long (Đồng Nai Biên Hòa).
5. Xã Minh Hương ở huyện Tân Bình (Sài Gòn Bến Nghé).
6. Tất cả dân số người Hoa cũng đều nhập sổ bộ Đại Việt.

Về thương mại: ông cho lập đường thủy ven các nhánh sông, lấy khu chợ nổi Nhà Bè cổ nơi ngã ba sông Bình Dương làm trung tâm giao dịch, thương lưu với các ngã: Cù Lao Phố, Bến Nghé, Cần Giờ, Rạch Cát, Vũng Cù (Cần Giuộc) và Gò Vấp. Đặc biệt bến tàu Châu Đại Phố của nhóm Hoa thương nhem nhúm còn quá luộm thuộm, giờ đây cũng được khuyến khích cho có qui cũ. Vị trí này sau đã nhanh chóng thành tên Cảng Đại Phố. Đây chính là bến cảng non trẻ nhất của miền này ở cuối thế kỷ 17, đầu thế kỷ 18.

Về quân sự: Đã có sẵn một lực lượng binh chủng gồm: thủy binh, bộ binh, tinh binh và thuộc binh. Thống suất cho cắt đặt các cơ đội canh phòng yên ổn thôn trang và quân lính cả hai dinh lo bảo vệ chủ quyền tại suốt vùng đất mới thành lập.

Thời ấy, vua Cao Miên (tức Chân Lạp) là Nặc Ông Thu. Mặc dầu bên trong hoàng tộc của họ vẫn thường xảy ra nổi loạn tranh chấp nhưng bên ngoài đối với sự định vùng biên giới của nhà Đại Việt cũng là ổn định cho cả đôi bên Việt Miên. Sự thần phục tiến cống được họ nối lại như trước.

Sau hết đến vấn đề di dân và khuyến nông đã được triều đình chúa Nguyễn chấp thuận. Thống suất Lễ Thành Hầu Nguyễn Hữu Cảnh cấp tốc phái thuộc binh đi hô hào chiêu mộ dân chúng từ miền Ngũ Quảng vào Gia Định lập nghiệp.

Sự hình thành của Sài Gòn Gia Định ngày nay bắt đầu tư thuở cha ông đi khai phá và lập nghiệp cách đây hơn ba thế kỷ là vậy.

Theo website TP. Hồ Chí Minh

Sách "Phủ biên tạp lục" của Lê Quý Đôn viết về vùng đất Nam Bộ vào thế kỷ XVII, rằng "từ cửa biển Cần Giờ, Soài Rạp, cửa Tiểu, cửa Đại... trở lên". Đất Sài Gòn khi những nhóm lưu dân người Việt đến khai khẩn hãy còn hoang vu, rừng rậm và đầm lầy trải dài. Rải rác đó đây trên các giồng đất cao, một vài nhóm các dân tộc Khmer, Stiêng, Mạ... cư trú, sinh sống.

Những lưu dân người Việt đầu tiên tìm đến mưu sinh nơi đất Sài Gòn thuở xa xưa là những người từ miền Bắc, miền Trung vào vì nhiều lý do. Phần lớn họ là những nông dân nghèo đói, cơ cực bởi cuộc chiến tranh giữa các tập đoàn phong kiến, một số khác là những quan lại, binh lính được nhà nước phong kiến phái đi đồn trú phía Nam, một số là những kẻ tội đồ trốn tránh... Họ đã vượt biển trên những chiếc thuyền và ngược sông Sài Gòn từ cửa Cần Giờ đến vùng đất Sài Gòn ngày nay. Những nhóm lưu dân đầu tiên đã chiếm cứ các giồng đất cao nằm dọc sông Sài Gòn để định cư. Ở đây có nguồn nước ngọt cho sinh hoạt và canh tác, khí hậu lại thoáng đãng. Dần dần từ các giồng cao, lưu dân mở rộng việc khai phá rừng rậm và bưng sình, đất thấp... thành ruộng vườn và làng xóm.

Một địa điểm mà sử sách thường nhắc đến là Mô Xoài có lẽ là vùng đất Bà Rịa hiện nay, đã được người Việt chọn làm nơi cư trú đầu tiên. Đất đai ở đây tương đối cao, lại gần sông biển thuận lợi cho việc định cư của họ.

Từ đất Mô Xoài, các lưu dân đã nhanh chóng mở rộng phạm vi cư trú, khai khẩn đất đai sang các khu vực, nay thuộc Đồng Nai và thành phố Hồ Chí Minh. Điều kiện tự nhiên ở những nơi này không khác mấy với đất Mô Xoài, vả lại các sông rạch nơi đây khá thuận tiện cho việc di chuyển của các lưu dân. Vào những thập kỷ giữa các thế kỷ XVII, các cư dân Việt đã hiện diện ở vùng đất Nam Vang (Phnom Penh) hiện nay. Năm 1665, theo giáo sĩ Chevreuil nhận thấy khi đến Phnom Penh đã có hai làng người Việt nằm bên kia sông, ước khoảng hơn 500 người. Điều đó cho thấy công cuộc Nam tiến của người Việt khá sớm, ít ra là từ cuối thế kỷ XVI. Một vài tư liệu khác của giáo sĩ phương Tây cũng cho thấy cùng với sự hiện diện của người Việt ở Nam Vang, thì ở vương quốc Xiêm La (Thái Lan), ngay vùng ven kinh đô cũng đã xuất hiện các khu vực định cư của khoảng 300 người Việt.

Thuở ban đầu, đứng trước thiên nhiên còn hoang dã của vùng đất Sài Gòn - Gia Định xưa, một vùng đất vừa hào phóng vừa bí ẩn, đầy bất trắc, người lưu dân Việt không khỏi cảm thấy ngại ngùng. Điều này thể hiện qua câu ca dao:

Tới đây xứ sở lạ lùng.
Con chim kêu phải sợ, con cá vùng phải kinh.

Những con người tiên phong ấy, với nghị lực và ý chí đã cố gắng trụ bám nơi mảnh đất Sài Gòn, nhen nhúm và định hình một cuộc sống mới. Cho đến trước khi những viên quan của chúa Nguyễn được cử đi kinh lý miền đất phía Nam, thì những thế hệ đầu tiên của lưu dân đã có cuộc sống ổn định, ruộng vườn đang mở rộng, xanh tươi. Những ghi chép trong các sử sách đương thời, giữa thế kỷ XVII, đất Sài Gòn đã có gần 10.000 người.

Trong số cư dân buổi ban đầu ở Sài Gòn, có không ít người Hoa. Họ là những người Trung Hoa vùng duyên hải phía Nam, đã ra đi tìm đất sống bởi không chịu nổi cuộc sống đói nghèo, loạn lạc ở cố hương.

Theo website TP. Hồ Chí Minh

Đất Sài Gòn - Gia Định nằm trên vùng chuyển tiếp giữa hai vùng địa chất, hai khu vực địa hình - địa mạo khác nhau. Nơi đây trong lịch sử đầu Công nguyên cho đến trước thế kỷ XVI là vùng tiếp giáp giữa nhiều quốc gia cổ, nơi gặp gỡ của nhiều cộng đồng dân cư, nơi chứa đựng nhiều ảnh hưởng của nhiều nền văn minh cổ ở khu vực Nam Đông Dương và Nam Á. Những cuộc tranh chấp, đặc biệt là từ thế kỷ XIII-XVII, đã biến vùng đất Sài Gòn - Gia Định, cho tới trước khi những cư dân Việt hiện diện, vẫn là miền đất hoang vu, vô chủ, là địa bàn sinh tụ lẻ tẻ của một vài nhóm cư dân cổ...

Theo kết quả nghiên cứu của các nhà địa chất học, vùng đất Sài Gòn và đồng bằng Nam Bộ được hình thành cách đây khoảng 6.000 năm, vào cuối thời kỳ Holoxen. Vào thời kỳ này, một đợt biển thoái cuối cùng, đã làm xuất lộ miền đồng bằng Nam Bộ và phù sa sông Tiền, sông Hậu đã phủ lên mặt đất một lớp màu mỡ. Về cảnh quan địa mạo, Sài Gòn vốn nằm trên lằn ranh tiếp giáp của hai vùng phù sa cổ, nay tương thích với hai vùng Đông Nam Bộ và miền Tây tức đồng bằng sông Cửu Long. Chính vì vậy, phía Bắc của thành phố là những dãy gò đồi thấp kéo dài từ phía chân cao nguyên Nam Trường Sơn, còn phía Đông, Nam thành phố là vùng đồng bằng thấp mà công cuộc bồi đắp còn dở dang.

Các nhà khảo cổ học trong và ngoài nước từ trước và sau năm 1975, đã phát hiện được trên địa phận Sài Gòn - thành phố Hồ Chí Minh cũng như một số khu vực phụ cận nhiều di tích khảo cổ học. Qua đó, cho thấy sự xuất hiện của con người trên vùng đất Sài Gòn - thành phố Hồ Chí Minh khá sớm. Ở đây đã tồn tại nhiều nền văn hóa từ thời kỳ đồ đá cho đến thời kỳ kim khí. Những người cổ từng sinh sống trên miền đất Sài Gòn từ nhiều thiên niên kỷ về trước đã biết đến kỹ thuật canh tác nông nghiệp. Họ không chỉ sinh sống trên miền đất cao phía Bắc - Tây Bắc, mà đã bước đầu chinh phục miền đất trũng phía Nam và Đông Nam. Một số phát hiện khảo cổ học cho thấy sự tồn tại của văn hóa Sa Huỳnh với những nét riêng trên đất Sài Gòn. Đó là thời kỳ phát triển rực rỡ của nền văn minh thời đại kim khí ở phía Nam. Sài Gòn - thành phố Hồ Chí Minh, là một khu vực dày đặc những di chỉ tiền sử hết sức phong phú trải dài trong khoảng 3.000 năm trước văn hóa Óc Eo.

Từ đầu Công nguyên cho đến thế kỷ VII, là thời kỳ của văn hóa Óc Eo. Đây cũng là thời kỳ tồn tại của nhiều tiểu quốc ở miền Nam Đông Dương. Sài Gòn vào thời kỳ này là miền đất có quan hệ với nhiều tiểu quốc đó.

Cuộc tranh chấp giữa các thế lực phong kiến, của các vương quốc cổ, đã xáo trộn các cộng đồng cư dân, dồn họ lùi sâu vào các rừng rậm nhiệt đới ở Đông Nam Bộ, Nam Tây Nguyên. Không ít địa bàn cư trú của họ trên vùng đất Sài Gòn - Gia Định và Đông Nam Bộ trở nên hoang hóa, vô chủ. "Như vậy từ thế kỷ XIII đến thế kỷ XVII, vùng đất giữa lưu vực sông Tiền hình như đang ở trong cơ cấu cư dân. Những nhóm người thưa thớt chỉ còn quần tụ ở một số thị trấn cổ ở Vũng Tàu - Bà Rịa, Prei Nokor (tức Sài Gòn)..."